의 안 번 호	제 호		의결사항
의 결 연 월 일	2025. . . (제 회)

소득세법 시행령 일부개정령안

법제처 심사 전

제 출 자	국무위원 구윤철 (부총리 겸 기획재정부장관)
제출 연월일	2025. . .

1. 의결주문

소득세법 시행령 일부개정령안을 별지와 같이 의결한다.

2. 제안이유

지방중심 건축시장 활성화를 위해 지방 주택 수요를 보완하고자 비수도권 준공 후 미분양 주택을 취득시 해당 주택을 양도소득세 중과대상에서 제외하는 기간을 연장하고, 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의해 협의매수ㆍ수용되는 경우 사업인정 고시일 전의 토지 용도에 따라 주택부수토지 인정 배율을 결정하도록 하는 한편,

연말정산 편의 제고를 위해 의료비 세액공제 증명자료 자료집중기관에 보건복지부를 추가하는 등 현행 제도의 운영상 나타난 일부 미비점을 개선ㆍ보완하려는 것임.

3. 주요내용

가. 수용시 주택부수토지 판단 기준일 조정(안 제154조제7항, 제167조의5 및 제168조의12)

토지가 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따라 협의매수ㆍ수용되거나 그 밖의 법률에 의해 수용되는 경우 사업인정 고시일 직전일의 토지 용도에 따라 주택부수토지의 인정 배율을 결정함.

나. 비수도권 준공 후 미분양 주택에 대한 양도소득세 중과 배제 기간 연장(안 제167의3조제1항제12호)

다주택자의 조정대상지역 주택에 대한 양도소득세 중과 시 중과대상 주택 및 주택수에서 제외하는 ‘비수도권의 준공 후 미분양 주택’을 현행 2025년 12월 31일까지 취득하는 분에서 2026년 12월 31일까지 취득하는 분으로 1년 연장함.

다. 소득공제 및 세액공제 증명자료별 자료집중기관 추가(안 별표4)

의료비 세액공제 대상인 「장애인활동 지원에 관한 법률」에 따른 활동지원급여 본인부담금 증명자료에 대한 자료집중기관에 보건복지부를 추가함.

4. 주요토의과제

없    음

5. 참고사항

가. 관계법령 : 생    략

나. 예산조치 : 별도조치 필요 없음

다. 합    의 : 국세청 등과 합의되었음

라. 기    타 : 1) 신ㆍ구조문대비표, 별첨

2) 입법예고(2025. 9. 12. ∼ 10. 22.) 결과, 특기할 사항 없음

3) 행정규제 : 규제개혁위원회와 협의 결과, 이견 없음

- 규제 신설ㆍ폐지 등, 없음

대통령령  제        호

소득세법 시행령 일부개정령안

소득세법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.

제154조제7항 각 호 외의 부분 중 “다음의”를 “다음 각 호의 구분에 따른”으로 하고, 같은 항 각 호 외의 부분에 단서를 다음과 같이 신설한다.

다만, 토지의 전부 또는 일부가 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의한 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우(사업인정 고시일 전에 취득한 토지에 한한다)는 사업인정 고시일 직전일의 해당 토지의 용도지역에 따라 구분한다.

제167조의3제1항제12호나목1)부터 4)까지 외의 부분 중 “2025년 12월 31일”을 “2026년 12월 31일”로 한다.

제167조의5 각 호 외의 부분에 단서를 다음과 같이 신설한다.

다만, 토지의 전부 또는 일부가 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의한 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우(사업인정 고시일 전에 취득한 토지에 한한다)는 사업인정 고시일 직전일의 해당 토지의 용도지역에 따른 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지를 말한다.

제168조의12 각 호 외의 부분에 단서를 다음과 같이 신설한다.

다만, 토지의 전부 또는 일부가 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의한 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우(사업인정 고시일 전에 취득한 토지에 한한다)는 사업인정 고시일 직전일의 해당 토지의 용도지역에 따라 구분한다.

대통령령 제35349호 소득세법 시행령 일부개정령 제203조제2항 전단 중 “퇴직자가 퇴직소득을 지급받는”을 “퇴직자 중에서 퇴직소득누계액에 대한 세액이 이미 지급된 퇴직소득에 대한 세액보다 작아 환급이 발생하는”으로 하고, 같은 항 후단 중 “법 제148조제1항에 따라 퇴직소득에 대한 원천징수영수증을 원천징수의무자에게 제출할 때 연금계좌취급자”를 “연금계좌취급자”로, “함께”를 “추가로”로 한다.

별표 4 제3호의 자료집중기관란 중 “「국민건강보험법」 제13조에 따른 국민건강보험공단”을 “보건복지부, 「국민건강보험법」 제13조에 따른 국민건강보험공단”으로 한다.

부      칙

제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.

제2조(1세대1주택의 범위에 관한 경과조치) 이 영 시행 전 자산을 양도한 경우에는 제154조제7항, 제167조의5 및 제168조의12의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

제3조(퇴직소득세액의 정산 등에 관한 적용례) 대통령령 제35349호 소득세법 시행령 일부개정령 제203조의 개정규정은 2026년 1월 1일 이후 퇴직(제43조제2항에 따라 퇴직한 것으로 보는 경우를 포함한다)하여 지급받는 소득분부터 적용한다.

제4조(소득공제 및 세액공제 증명서류의 제출에 관한 적용례) 별표 4의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세기간에 발생하는 소득에 대한 소득공제 및 세액공제 증명서류를 제출하는 경우부터 적용한다.

신ㆍ구조문대비표

현 행	개 정 안
제154조(1세대1주택의 범위) ① ∼ ⑥ (생 략)	제154조(1세대1주택의 범위) ① ∼ ⑥ (현행과 같음)
⑦법 제89조제1항제3호 각 목 외의 부분에서 “지역별로 대통령령으로 정하는 배율”이란 다음의 배율을 말한다. <단서 신설>	⑦-------------------------------------------------------------------- 다음 각 호의 구분에 따른 --------------------. 다만, 토지의 전부 또는 일부가 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의한 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우(사업인정 고시일 전에 취득한 토지에 한한다)는 사업인정 고시일 직전일의 해당 토지의 용도지역에 따라 구분한다.
1.ㆍ2. (생 략)	1.ㆍ2. (현행과 같음)
⑧ ∼ ⑫ (생 략)	⑧ ∼ ⑫ (현행과 같음)
제167조의3(1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위) ①법 제104조제7항제3호에서 “대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호 또는 제12호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다.	제167조의3(1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위) ①-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------.
1. ∼ 11. (생 략)	1. ∼ 11. (현행과 같음)
12. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택	12. -------------------------------
가. (생 략)	가. (현행과 같음)
나. 2024년 1월 10일부터 2025년 12월 31일까지 취득하는 주택으로서 다음의 요건을 모두 갖춘 준공 후 미분양주택	나. ---------------- 2026년 12월 31일--------------------------------------------------------
1) ∼ 4) (생 략)	1) ∼ 4) (현행과 같음)
12의2.ㆍ13. (생 략)	12의2.ㆍ13. (현행과 같음)
② ∼ ⑩ (생 략)	② ∼ ⑩ (현행과 같음)
제167조의5(단기보유 주택부수토지의 범위) 법 제104조제1항제2호에서 “대통령령으로 정하는 토지”란 해당 주택이 정착된 면적에 지역별로 다음 각 호의 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지를 말한다. <단서 신설>	제167조의5(단기보유 주택부수토지의 범위) -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------. 다만, 토지의 전부 또는 일부가 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의한 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우(사업인정 고시일 전에 취득한 토지에 한한다)는 사업인정 고시일 직전일의 해당 토지의 용도지역에 따른 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지를 말한다.
1.ㆍ2. (생 략)	1.ㆍ2. (현행과 같음)
제168조의12(주택부수토지의 범위) 법 제104조의3제1항제5호에서 “지역별로 대통령령으로 정하는 배율”이란 다음 각 호의 구분에 따른 배율을 말한다. <단서 신설>	제168조의12(주택부수토지의 범위) --------------------------------------------------------------------------------------------. 다만, 토지의 전부 또는 일부가 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의한 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우(사업인정 고시일 전에 취득한 토지에 한한다)는 사업인정 고시일 직전일의 해당 토지의 용도지역에 따라 구분한다.
1.ㆍ2. (생 략)	1.ㆍ2. (현행과 같음)
대통령령 제35349호 소득세법 시행령 일부개정령	대통령령 제35349호 소득세법 시행령 일부개정령
제203조(퇴직소득세액의 정산) ① (생 략)	제203조(퇴직소득세액의 정산) ① (현행과 같음)
② 제1항에도 불구하고 이미 지급된 퇴직소득 중 이연퇴직소득이 있는 퇴직자가 퇴직소득을 지급받는 경우에는 법 제148조제1항에 따라 정산하는 퇴직소득세는 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 이 경우 퇴직자는 법 제148조제1항에 따라 퇴직소득에 대한 원천징수영수증을 원천징수의무자에게 제출할 때 연금계좌취급자로부터 발급받은 기획재정부령으로 정하는 연금계좌 현황자료를 함께 제출하거나 연금계좌취급자로 하여금 해당 연금계좌 현황자료를 원천징수의무자에게 제출하게 해야 한다.	② --------------------------------------------------- 퇴직자 중에서 퇴직소득누계액에 대한 세액이 이미 지급된 퇴직소득에 대한 세액보다 작아 환급이 발생하는-----------------------. ------------- 연금계좌취급자-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 추가로 --------------------------------------------------------------------------------.
③ ∼ ⑥ (생 략)	③ ∼ ⑥ (현행과 같음)

〈 의안 소관 부서명 〉
기획재정부 소득세제과
연 락 처	(044) 215 - 4211